Σύμφωνα με αρχαιολογικά ευρήματα, στην περιοχή της Αγίας Νάπας υπήρξε ανθρώπινη παρουσία την περίοδο 8500 – 10500 πχ Για κάποιους αιώνες μετέπειτα η περιοχή δεν ήταν κατοικημένη.
Την Ρωμαική εποχή υπήρχαν διάφοροι οικισμοί στην περιοχή με σημαντικότερο τον οικισμό Θρόνο. Ο οικισμός αυτός όπως και οι μεταγενέστεροι του, εγκαταλείφθηκαν την περίοδο των Αραβικών επιδρομών (7ος αιώνας)
Από τον 7ο αιώνα έως τον 14ο η περιοχή ήταν ακατοίκητη. Τον 14ο αιώνα, οι Λουζινιανοί κατασκεύασαν το μοναστήρι της Αγίας Νάπας και ανακατασκεύασαν το υδραγωγείο. Η παρουσία του μοναστηριού οδήγησε στην εγκατάσταση κατοίκων στην γύρω περιοχή, με αποτέλεσμα να δημιουργηθεί ένα χωριό γύρω από αυτό.
Στα τέλη του 20ου αιώνα η Αγία Νάπα αναπτύχθηκε τουριστικά.
Ο δήμος Αμμοχώστου δεν ελέγχεται πλήρως από την Κυπριακή δημοκρατία, λόγω της Τουρκικής εισβολής το 1974
